中医学院是重庆中医药学院规模最大的集教学、科研及临床为一体的学院。中医学院中医学专业起源于1951年西南军政委员会创办的被誉为“中医黄埔”的重庆中医进修学校中医学专业，我国著名中医大家鲁之俊、冉雪峰、任应秋、胡光慈、吴棹仙、沈仲圭等都曾任教于该校中医学专业，首届国医大师郭子光教授也曾就读于该校中医学专业。经过70余年的学术积淀，造就了学院优秀的师资力量、完善的教学基地、丰硕的科研成果，为国家培养了一大批中医药人才。

中医学院现设有4个教研室，包括医史文献教研室、中医临床教研室、中医经典教研室以及中医基础理论教研室。现有专兼任教师53人，其中教授9人，副教授11人，硕士及以上学位42人，硕士生导师及博士生导师8人；有多名教师荣获全国名中医、国家青年岐黄学者、重庆市英才、重庆市名中医等荣誉称号；多名教师担任省部级及国家重大科技项目评审专家，且担任市级学会常务理事、专业委员会主任委员及国家级学会二级分会会长、副会长、常委等学术职务10余人。

中医学院将秉承“传承精华、守正创新”的宗旨要求，坚守“明德济世、精术泽人”的校训精神，为推动中医药事业的传承、发展与创新，促进中医药文化的弘扬贡献力量。学院注重早临床、多临床、跟名师、重经典的教育理念，遵循中医药教育教学和人才成长规律，打造“会看病的教师、会教书的医生、会育人的科学家”之“三栖名师”，为学生配置“医学导师、科研导师、成长导师”之“三类导师”，积极培养中医药高素质应用型人才。